Die häufigste Ursache für eine gestörte Implantation ist eine suboptimale embryonale Entwicklung. Die meist zugrundliegende "schlechte Eizellqualität" ist der am schwierigsten zu fassende Parameter, da sie zum Einen auf der Unversehrtheit und Vollständigkeit des genetischen Materials beruht, zum Anderen aber auch vom Mikromilieu während der Entwicklung im Eierstock abhängt. Dieses Mikromilieu kann durch Erkrankungen wie z.B. die Endometriose gestört sein. Daneben gibt es eine Vielzahl endokriner Störungen, die zu einer gestörten Follikelreifung führen können (Ovarialinsuffizienz). Auch eine morphologisch optimale Blastozyste kann u.U. unfähig sein, zeitgerecht zu schlüpfen.
Die häufigsten Ursachen einer fehlerhaften Implantation sind Chromosomenstörungen des Embryos, unbehandelte Schilddrüsenstoffwechselstörungen, Störungen des Zuckerstoffwechsels und Autoimmunerkrankungen wie das Antiphospholipid-Syndrom oder die Hashimoto Thyreoiditis, deren Antikörper die Einnistung des Embryos hemmen und so zu Sterilität oder frühen Fehlgeburten führen können.
Darüber hinaus können Gerinnungsstörungen (Faktor-V-Leidenmutation, Prothrombinmutation, Protein-C-Mangel, Protein-S-Mangel etc.) zu einer Neigung zu Bildung von Mikrothrombosen an der Einnistungsstelle führen und so die Implantation kompromittieren.