Eines der Hauptprobleme ist, dass das PCOS zu Störungen der Follikelreifung und zum Ausbleiben des Eisprungs (Ovarialinsuffizienz) führen kann. In fortgeschrittenen Stadien findet sich eine Vielzahl kleinerer, so genannter 'antraler' Eibläschen (Follikel), die über ein gewisses Stadium der Entwicklung nicht hinauskommen. Da inzwischen bekannt ist, dass bei etwa 40-50% der Patientinnen auch eine Störung im Zuckerstoffwechsel mit chronisch erhöhten Insulinspiegeln im Blut (Insulinresistenz) vorliegt und dass diese Störung ursächlich mit der Erkrankung zusammenhängt, steht die Basistherapie mit einem Insulinsensitizer (Metformin) häufig am Beginn der Behandlung. Auch wenn Metformin in Deutschland derzeit nur für die Diabetesbehandlung zugelassen ist, ist das Medikament inzwischen weltweit zur etablierten Therapie der ersten Wahl auch bei "Insulinresistenz" geworden.
Wenn Metformin nicht ausreicht ist häufig eine ovarielle Stimulationstherapie mit Clomifen oder eine ovarielle Stimulationstherapie mit Gonadotropinen erforderlich. Diese Therapie muss niedrig dosiert und behutsam erfolgen, da ein Hauptrisiko bei PCO-Patientinnen das unbeabsichtigte Heranreifen mehrerer Eibläschen verbunden mit einem deutlich erhöhten Mehrlingsrisiko ist. Manchmal dauert die individuelle Dosisfindung mehrere Wochen. Es ist dabei von entscheidender Bedeutung, dass weder die Patientin noch der Arzt die nötige Geduld verliert. Zyklen bei denen zu schnell gesteigert wird, müssen oft abgebrochen werden.